حجت الاسلام والمسلمین سید محمد خاتمی فرزند مرحوم آیت آیت الله سید روح الله خاتمی در سال 1322 هجری شمسی ـ 1943 میلادی - در شهر اردکان واقع در استان یزد متولد شدند.
پدر ایشان از روحانیون نیکنام و بلند آوازه آن دیار ، عالمی فرزانه ، فقیهی روشن بین و عارفی مبارز و مردم گرا بود . آن مرحوم موسس مدرسه علمیه اردکان بودند و امامت جمعه شهرستان یزد را بر عهده داشتند .آقای سید محمد خاتمی دو برادر و چهار خواهر دارند . در سال 1353 با خانم زهره صادقی ازدواج کردند که ثمره این ازدواج دو دختر و یک پسر به نامهای لیلا (1354) ، نرگس (1360 ) و عماد (1367) است .
تحصیلات ابتدایی ، متوسطه و دبیرستانی ایشان در اردکان طی شد و در همه این سالها جزء شاگردان ممتاز کلاس بودند . در سال 1340 (1961 میلادی ) پیش از اخذ دیپلم به شوق تحصیل در علوم و معارف دینی ، در حالیکه بخشی از مقدمات را در محضر پدر گرامی شان فرا گرفته بودند ، رهسپار شهر قم شدند و در همان سالها دیپلم متوسطه را نیز در رشته طبیعی دریافت داشتند.
آقای سید محمد خاتمی ضمن حضور در مبارزات سیاسی حوزه در سالهای 41 و 42 به مدت چهار سال تحصیل در حوزه علمیه قم "مقدمات " و " سطح " را فراگرفته و در سال 1344 هجری شمسی ( 1965 میلادی ) برای تحصیل در رشته فلسفه به دانشکده ادبیات اصفهان راه یافتند و همزمان با آن ، سطوح عالیه علوم دینی را در حوزه علمیه اصفهان ادامه دادند .
در سال 1348 هجری شمسی ( 1969 میلادی ) با درجه کارشناسی از دانشگاه اصفهان فارغ التحصیل شده و بدنبال آن و علیرغم داشتن شرایط اجتهاد برای معافیت از خدمت سربازی "بالاجبار به خدمت سربازی اعزام شدند".
در سال 1349 هجری شمسی ( 1970 میلادی ) در دوره کارشناسی ارشد علوم تربیتی دانشگاه تهران پذیرفته شدند و به ادامه تحصیل پرداختند و در حالیکه که امکان استفاده از بورس تحصیلی دوره دکترا در خارج از کشور از طرف دانشگاه تهران برایشان فراهم شده بود به شهرستان قم بازگشتند و طی چندین سال اقامت ، با کوشش و جدیت مراحل دروس " خارج " " فقه و اصول " و دوره عالی فلسفه را در محضر آیات عظام و استادانی چون مرتضی حائری یزدی (قده) ، وحید خراسانی ، سید موسی شبیری زنجانی ، شهید مرتضی مطهری (قده) و عبدالله‌جوادی آملی گذراندند .
همزمان با این ایام در دروس خصوصی شهید مطهری پیرامون فلسفه هگل و مارکسیسم و معارف و کلام شرکت می جستند .
آقای خاتمی که همواره دغدغه های شخصی خود را در زمینه معارف ، علوم دینی ، اجتماعی و فرهنگی پیگیرانه دنبال می کردند ، نسبت به تالیف آثاری اهتمام کردند که حاصل آن دهها مقاله ، گفتار و کتاب می باشد